Fond malakologie byl založen V.F. Hlaváčem ve 20. – 30. letech 20. století. Fond není spravován samostatným specialistou, sbírky byly po desetiletí uloženy v bednách a doplňovány pouze nesystematicky, a to sběry v terénu v 70. letech a několika menšími nákupy regionálních dokladů z východních Čech. Po roce 1993 byly sbírky vytříděny, prošly základní konzervací a byly nově adjustovány. Studijní materiál je postupně odborně revidován externími českými malakology.
V současné době obsahuje malakologická sbírka asi 45 tisíc schránek měkkýšů (ulity, lastury). Převažuje výstavní materiál mořských plžů a mlžů (30tisíc kusů), studijní dokumentační fond recentních měkkýšů ČR tvoří 15 tisíc položek. Uspořádání obou částí fondu je dle systematických kategorií zoologického systému měkkýšů.
Dokumentační a studijní fond schránek recentních měkkýšů tvoří převážně materiál z východních Čech. Doklady o výskytu plžů a mlžů v Českých zemích z 30. let, mají dnes vysokou dokumentační hodnotu, vzhledem k vysokému bioindikačnímu významu měkkýšů pro hodnocení změn přírody a krajiny. Naproti tomu velkou estetickou hodnotu mají původní výstavní sbírky schránek mořských měkkýšů, které se druhovým bohatstvím, rozsahem i kvalitou řadí k několika nejcennějším souborům tohoto druhu v ČR.
V současné době přichází v úvahu doplňování sbírky formou nákupu ucelených sběrů regionální provenience nebo dary významných nálezů a druhů zastoupených ve fauně ČR a neobsažených ve sbírce. Významné doplňování výstavních sbírek mořských měkkýšů se nepředpokládá.